Het ROC Zeeland kent een vrij platte organisatiestructuur met een Raad van Toezicht, een College van Bestuur, negen onderwijsclusters en zes centrale diensten.

Het onderwijsproces wordt verzorgd door de resultaatverantwoordelijke clusters. De clusters zijn opgedeeld in teams die voor deelnemers, ouders/verzorgers, toeleverende scholen en medewerkers een herkenbare eenheid vormen.

Daarnaast zijn alle processen van administratieve- en dienstverlenende aard samengevoegd in geprofessionaliseerde bedrijfsvoeringsafdelingen. De Bestuursdienst ondersteunt het College van Bestuur en de onderwijsclusters met diverse disciplines, waaronder beleidsadvisering, onderwijsinnovatie en public relations & communicatie.